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Type and details of transgene |
Is the transgene Plasmodium derived |
Transgene: not Plasmodium |
Transgene name | RFP |
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Details of the genetic modification |
Inducable system used | No |
Additional remarks inducable system |
|
Type of plasmid/construct | Plasmid double cross-over |
PlasmoGEM (Sanger) construct/vector used | No |
Modified PlasmoGEM construct/vector used | No
|
Plasmid/construct map |
|
Plasmid/construct sequence |
AATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTT
AATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACC
GATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGATGCGGTATTTT
CTCCTTACGCATCTGTGCGGTATTTCACACCGCATATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGC
TCTGATGCCGCATAGTTAAGCCAGCCCCGACACCCGCCAACACCCGCTGACGCGCCCTGA
CGGGCTTGTCTGCTCCCGGCATCCGCTTACAGACAAGCTGTGACCGTCTCCGGGAGCTGC
ATGTGTCAGAGGTTTTCACCGTCATCACCGAAACGCGCGAGACGAAAGGGCCTCGTGATA
CGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGATAATAATGGTTTCTTAGACGTCAGGTGGCACT
TTTCGGGGAAATGTGCGCGGAACCCCTATTTGTTTATTTTTCTAAATACATTCAAATATG
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CGAGTGGGTTACATCGAACTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCC
GAAGAACGTTTTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCC
CGTATTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGGTCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTG
GTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAGTAAGAGAATTA
TGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATC
GGAGGACCGAAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTT
GATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCATACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATG
CCTGTAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTACTCTAGCT
TCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGC
TCGGCCCTTCCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGGTCT
CGCGGTATCATTGCAGCACTGGGGCCAGATGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTAC
ACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGATGAACGAAATAGACAGATCGCTGAGATAGGTGCC
TCACTGATTAAGCATTGGTAACTGTCAGACCAAGTTTACTCATATATACTTTAGATTGAT
TTAAAACTTCATTTTTAATTTAAAAGGATCTAGGTGAAGATCCTTTTTGATAATCTCATG
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GTAACTGGCTTCAGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTTA
GGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACCGCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTA
CCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAAGACGATAG
TTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTTG
GAGCGAACGACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCATTGAGAAAGCGCCACG
CTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTATCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGAG
CGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTGTCGGGTTTCGC
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TTCTTTCCTGCGTTATCCCCTGATTCTGTGGATAACCGTATTACCGCCTTTGAGTGAGCT
GATACCGCTCGCCGCAGCCGAACGACCGAGCGCAGCGAGTCAGTGAGCGAGGAAGCGGAA
GAGCGCCCAATACGCAAACCGCCTCTCCCCGCGCGTTGGCCGATTCATTAATGCAGCTGG
CACGACAGGTTTCCCGACTGGAAAGCGGGCAGTGAGCGCAACGCAATTAATGTGAGTTAG
CTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGA
ATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGCCAAGCTT
CCGCGGGTATATGGTAAAGAACCTACTAACACAATAAAATATTTAAATAATGTATTTCCT
ATAAATAAATTTACAGATTTATTTTTTAATACAAAAGATATAGATATACCAGAAATAAAT
GATCAGTTTAAAGGTTTTAAATTCTTTATGACATCATTTATAAATCATGGATCATATCCA
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TTGCATGTTCGAACTGATTTAAAAGATAGACCAGTTTCATTTTGTGATTTTCGAAAAGGA
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TACTATGCATATAATGTTATACATATAAACATAAAACGCCATGTAAATCAAAAAATATAT
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GTGCCCTTTATTAACTAGAACTAGTCGTAATTATTTATATTTCTATGTTATAAAAAAATC
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TTTTCATTTGCCTTCAAAATTTAAATTTATTTTAATATTTCCTAAAATATATATACTTTG
TGTATAAATATATAAAAATATATATTTGCTTATAAATAAATAAAAAATTTTATAAAACAT
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AATGACCACAACCTCTTCAGTAGAAGGTAAACAGAATCTGGTGATTATGGGTAAGAAGAC
CTGGTTCTCCATTCCTGAGAAGAATCGACCTTTAAAGGGTAGAATTAATTTAGTTCTCAG
CAGAGAACTCAAGGAACCTCCACAAGGAGCTCATTTTCTTTCCAGAAGTCTAGATGATGC
CTTAAAACTTACTGAACAACCAGAATTAGCAAATAAAGTAGACATGGTCTGGATAGTTGG
TGGCAGTTCTGTTTATAAGGAAGCCATGAATCACCCAGGCCATCTTAAACTATTTGTGAC
AAGGATCATGCAAGACTTTGAAAGTGACACGTTTTTTCCAGAAATTGATTTGGAGAAATA
TAAACTTCTGCCAGAATACCCAGGTGTTCTCTCTGATGTCCAGGAGGAGAAAGGCATTAA
GTACAAATTTGAAGTATATGAGAAGAATGATGCTAGCGGAGGAGGTGGATCTGGTGGAGG
TGGAAGTGCTAGCGTGACAGGGGGAATGGCAAGCAAGTGGGATCAGAAGGGTATGGACAT
TGCCTATGAGGAGGCGGCCTTAGGTTACAAAGAGGGTGGTGTTCCTATTGGCGGATGTCT
TATCAATAACAAAGACGGAAGTGTTCTCGGTCGTGGTCACAACATGAGATTTCAAAAGGG
ATCCGCCACACTACATGGTGAGATCTCCACTTTGGAAAACTGTGGGAGATTAGAGGGCAA
AGTGTACAAAGATACCACTTTGTATACGACGCTGTCTCCATGCGACATGTGTACAGGTGC
CATCATCATGTATGGTATTCCACGCTGTGTTGTCGGTGAGAACGTTAATTTCAAAAGTAA
GGGCGAGAAATATTTACAAACTAGAGGTCACGAGGTTGTTGTTGTTGACGATGAGAGGTG
TAAAAAGATCATGAAACAATTTATCGATGAAAGACCTCAGGATTGGTTTGAAGATATTGG
TGAGGCTTCGGAACCATTTAAGAACGTCTACTTGCTACCTCAAACAAACCAATTGCTGGG
TTTGTACACCATCATCAGAAATAAGAATACAACTAGACCTGATTTCATTTTCTACTCCGA
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TGTGGAAACTGACACCAACGAAAACTTCGAAGGTGTCTCATTCATGGGTAAAATCTGTGG
TGTTTCCATTGTCAGAGCTGGTGAATCGATGGAGCAAGGATTAAGAGACTGTTGTAGGTC
TGTGCGTATCGGTAAAATTTTAATTCAAAGGGACGAGGAGACTGCTTTACCAAAGTTATT
CTACGAAAAATTACCAGAGGATATATCTGAAAGGTATGTCTTCCTATTAGACCCAATGCT
GGCCACCGGTGGTAGTGCTATCATGGCTACAGAAGTCTTGATTAAGAGAGGTGTTAAGCC
AGAGAGAATTTACTTCTTAAACCTAATCTGTAGTAAGGAAGGGATTGAAAAATACCATGC
CGCCTTCCCAGAGGTCAGAATTGTTACTGGTGCCCTCGACAGAGGTCTAGATGAAAACAA
GTATCTAGTTCCAGGGTTGGGTGACTTTGGTGACAGATACTACTGTGTTTAACTCGATCC
CGTTTTTCTTACTTATATATTTATACCAATTGATTGTATTTATAACTGTAAAAATGTGTA
TGTTGTGTGCATATTTTTTTTTGTGCATGCACATGCATGTAAATAGCTAAAATTATGAAC
ATTTTATTTTTTGTTCAGAAAAAAAAAACTTTACACACATAAAATGGCTAGTATGAATAG
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GCTCAGGGCGGACTGGGTGCTCAGGTAGTGGTTGTCGGGCAGCAGCACGGGGCCGTCGCC
GATGGGGGTGTTCTGCTGGTAGTGGTCGGCGAGCTGCACGCTGCCGTCCTCGATGTTGTG
GCGGATCTTGAAGTTCACCTTGATGCCGTTCTTCTGCTTGTCGGCCATGATATAGACGTT
GTGGCTGTTGTAGTTGTACTCCAGCTTGTGCCCCAGGATGTTGCCGTCCTCCTTGAAGTC
GATGCCCTTCAGCTCGATGCGGTTCACCAGGGTGTCGCCCTCGAACTTCACCTCGGCGCG
GGTCTTGTAGTTGCCGTCGTCCTTGAAGAAGATGGTGCGCTCCTGGACGTAGCCTTCGGG
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CACGCCGTAGGTCAGGGTGGTCACGAGGGTGGGCCAGGGCACGGGCAGCTTGCCGGTGGT
GCAGATGAACTTCAGGGTCAGCTTGCCGTAGGTGGCATCGCCCTCGCCCTCGCCGGACAC
GCTGAACTTGTGGCCGTTTACGTCGCCGTCCAGCTCGACCAGGATGGGCACCACCCCGGT
GAACAGCTCCTCGCCCTTGCTCACCATGGTGGCGACCGGTGGATCCTTTTTATCATTTGG
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TCTATATGTATGAAATACATATAATACTACTATATACCACCAAATTACATATCCAAATAA
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CTTCCCATCTGACGGTCCAGTCATGCAAAAGAAGACTATGGGTTGGGAAGCTTCTACCGA
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CGCATTTCATCGTTTAAACAAGTACATGAACGTGTGCATGCAATTATTTCTGTGTTTGGA
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TATATATTAAAAATTATGAATATCTAGATTCAAAACCTAAATATAAAAATAAACAAATTT
CCTATATAGATGTAGTTCCATACCCGCGGGGAAAGGGCG
|
Restriction sites to linearize plasmid |
KspI (SacII)
|
Selectable marker used to select the mutant parasite | hdhfr/yfcu |
Promoter of the selectable marker | eef1a |
Selection (positive) procedure | pyrimethamine |
Selection (negative) procedure | 5-fluorocytosine (5-FC) |
Additional remarks genetic modification | |
Additional remarks selection procedure | |
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Other details transgene |
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Promoter |
Gene Model of Parasite |
PBANKA_1319500
|
Gene Model P. falciparum ortholog |
PF3D7_1455800
|
Gene product | LCCL domain-containing protein |
Gene product: Alternative name | LAP4; LCCL/lectin adhesive-like protein 4; CCp2 |
Primer information details of the primers used for amplification of the promoter sequence
Primer information details of the primers used for amplification of the promoter sequence
Sequence Primer 1 | |
Additional information primer 1 | |
Sequence Primer 2 | |
Additional information primer 2 | |
|
|
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3'-UTR |
Gene Model of Parasite |
PBANKA_1359600
|
Gene product | transmission blocking target antigen precursor 6-cysteine protein |
Gene product: Alternative name | P48/45 |
Primer information details of the primers used for amplification the 3'-UTR sequences
Primer information details of the primers used for amplification the 3'-UTR sequences
Sequence Primer 1 | 3’-cggGGTACCCGCATATCGAAATGATGCTATC |
Additional information primer 1 | 3’utr of the p48/45 gene (PB001525.02.0; 3’48/45; Asp718/XbaI; 1882 |
Sequence Primer 2 | 3’- gcTCTAGAAGTAGTGTGTAGCGTATTC |
Additional information primer 2 | 3’utr of the p48/45 gene (PB001525.02.0; 3’48/45; Asp718/XbaI;1881 |
|
|
Insertion/Replacement locus |
Replacement / Insertion | Replacement locus |
Gene Model of Parasite |
PBANKA_0306000
|
Gene product | 6-cysteine protein |
Gene product: Alternative name | 230p |
Primer information details of the primers used for amplification of the target sequences
Primer information details of the primers used for amplification of the target sequences
Sequence Primer 1 | 5'-cccaagcttccgcgggtatatggtaaagaacctactaacac |
Additional information primer 1 | primer L1345: 0.7kb 5'region of PB000214.00.0 (230p gene) |
Sequence Primer 2 | 5'-cccaagcttgatgtgttttatttggatgtgc |
Additional information primer 2 | primer L1346: 0.7kb 5'region of PB000214.00.0 (230p gene) |
Sequence Primer 3 | 5'-ccggaattctcttgagcccgttaatg |
Additional information primer 3 | primer L1347: 1kb 3'region of PB000214.00.0 (230p gene) |
Sequence Primer 4 | 5'-tccccgcgggtatggaactacatctatatagg |
Additional information primer 4 | primer L1348: 1kb 3'region of PB000214.00.0 (230p gene) |
|
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